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VirSieve?生物信息學(xué)管道將的先期發(fā)布將促進(jìn)在環(huán)境新冠病毒研究方面的協(xié)作
加利福尼亞州爾灣2021年5月12日 /美通社/ -- Zymo Research向環(huán)境微生物學(xué)界發(fā)布了VirSieve?生物信息學(xué)管道源代碼，以促進(jìn)全球協(xié)作并支持對(duì)廢水中新冠病毒變體的檢測(cè)。VirSieve?是一個(gè)自動(dòng)計(jì)算管道，可分析廢水樣本中新冠病毒的測(cè)序讀數(shù)，以更好地了解被監(jiān)測(cè)社區(qū)中存在的病毒變異。通過(guò)對(duì)觀察到的病毒突變的置信區(qū)間進(jìn)行評(píng)級(jí)，該軟件具有顯著提高病毒遺傳物質(zhì)中任何變化分析準(zhǔn)確性的潛力。
疾病預(yù)防控制中心表示，盡管疫苗的部署對(duì)遏制美國(guó)境內(nèi)新冠疫情產(chǎn)生了巨大的積極影響，但新的病毒株仍在出現(xiàn)。其中一些菌株（例如 B.1.1.7）由于更大的傳播速度、致病性或疫苗逃逸的證據(jù)，被歸類(lèi)為“受關(guān)注變種”。廢水下一代測(cè)序正在成為近實(shí)時(shí)社區(qū)監(jiān)測(cè)的最可行解決方案。
由于病毒RNA的斷裂和降解，對(duì)廢水進(jìn)行的病毒測(cè)序難度很大，這通常會(huì)導(dǎo)致測(cè)序錯(cuò)誤，最終顯示為假突變。VirSieve?可以識(shí)別這些假變種，并將其標(biāo)記為低或無(wú)置信度，使研究人員能夠以更高的支持程度過(guò)濾突變。Zymo Research還提供DNA/RNA Shield?，一種在任何病毒滅活后可保護(hù)病毒RNA不會(huì)進(jìn)一步降解的試劑，可安全地在環(huán)境溫度下收集和運(yùn)輸廢水樣本。
“Zymo Research以前開(kāi)發(fā)過(guò)Zymo Research Transmit Program這樣的公共軟件工具，這是一個(gè)通過(guò)CalREDIE公共衛(wèi)生報(bào)告系統(tǒng)提交新冠病毒檢測(cè)結(jié)果的開(kāi)源客戶(hù)端，”Zymo Research的實(shí)驗(yàn)室信息系統(tǒng)總監(jiān)兼VirSieve?管道項(xiàng)目的項(xiàng)目負(fù)責(zé)人Michael Weinstein表示，“VirSieve?是Zymo Research為全球疫情應(yīng)對(duì)工作提供最大支持的不懈努力的一部分。我們認(rèn)為VirSieve?不僅有可能用于跟蹤廢水中的新冠病毒變異株，而且也能跟蹤其他病毒，用于未來(lái)的公共衛(wèi)生工作。”
“從臨床樣本或污水中獲取準(zhǔn)確的變種是確定病毒株在所有其他病毒變種中的位置并為病原體跟蹤工作提供信息的關(guān)鍵，”Zymo Research的付費(fèi)發(fā)言人、WorldQuant定量預(yù)測(cè)研究所聯(lián)合主任兼威爾康奈爾醫(yī)學(xué)院的生理學(xué)和生物物理教授Christopher Mason博士說(shuō)。
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